Снова себе напоминалка себе, забыл про вирт. хосты.
На мульти доменном сервере всегда нужно делать разводку по именам виртуальных хостов, вот код, чтобы не забыть:
NameVirtualHost *:80
VirtualHost *:80 ServerName vh1.example.com DocumentRoot /var/www/vhosts/vh1 /VirtualHost VirtualHost *:80 ServerName vh2.example.com DocumentRoot /var/www/vhosts/vh2 /VirtualHost
Источник: How to Serve Multiple Domains Using Virtual Hosts | Knowledge Center | Rackspace Hosting.